Filozof kultury, eseista, krytyk filmowy. Doktor nauk humanistycznych. Autor książki Wobec nihilizmu. Gombrowicz, Witkacy (Sic!, Warszawa 2009). Redaktor m. in. książek: Pier Paolo Pasolini, Po ludobójstwie. Eseje o języku, polityce i kinie (Fundacja Augusta hr. Cieszkowskiego, Warszawa 2012), What Kieslowski Tells Us Today? (IAM, Jerusalem 2008), Polish Cinema Now! (John Libbey Publishing, London 2010). Był jednym z tłumaczy książki Martina Heideggera o Nietzschem (PWN, 1998, 1999). Ukończył z wyróżnieniem Wydział Polonistyki UW i Szkołę Nauk Społecznych przy Instytucie Filozofii i Socjologii PAN. Pracę magisterską pisaną pod kierunkiem prof. Michała Głowińskiego, pt. Jak można dziś mówić o poezji – na przykładzie twórczości Mirona Białoszewskiego opublikował w „Pamiętniku Literackim”. Doktorat o nihilizmie i nowoczesności pisany pod kierunkiem prof. Marii Janion obronił z wyróżnieniem w Instytucie Badań Literackich PAN. Wykładał gościnnie na filmoznawstwie w warszawskiej SWPS, w łódzkiej Państwowej Wyższej Szkole Filmowej Telewizyjnej i Teatralnej, oraz na polonistyce UW i w Instytucie Kultury UW. W latach 2001-2010 kurator programu filmowego w Instytucie Adama Mickiewicza. Obecnie adiunkt na Wydziale Nauk Humanistycznych UKSW.
Jego książka Wobec nihilizmu. Gombrowicz, Witkacy (Wydawnictwo Sic!, 2009) jest próbą uporządkowania dzisiejszej wiedzy o problemie nihilizmu, przede wszystkim w oparciu o prace niemieckich i amerykańskich historyków idei, poczynając od niemieckiego romantyzmu i jego „Atheismusstreit” aż po dzisiejszy fenomen „banalizacji nihilizmu” (Friedrich Heinrich Jacobi, August Klingemann, Max Stirner, Friedrich Nietzsche, Martin Heidegger, Jürgen Habermas, Dieter Arendt, Walter Bröcker, Werner Kohlschmidt, Wolfgang Müller-Lauter, Manfred Riedel, Zygmunt Bauman, Karen L. Carr, Richard Rorty). Praca umieszcza w filozoficznym kontekście tej problematyki dzieła literackie Witolda Gombrowicza i Stanisława Ignacego Witkiewicza, pytając o myślowe konsekwencje takiej konfrontacji.
Stypendysta Gemeinschaft zur Förderung von Studienaufenthalten polnischer Studierender in Deutschland e. V na wydziale germanistycznym Uniwersytetu Filipa w Marburgu. Junior Fellow wiedeńskiego Instytutu Nauk o Człowieku. Laureat Nagrody im. Krzysztofa Mętraka dla najlepszego krytyka filmowego w roku 1995.
W latach 1998-2001 prowadził Galerię Sztuki Filmowej w warszawskiej „Zachęcie”. Był członkiem redakcji kwartalnika „Ogród”, dwumiesięcznika „Film na Świecie” oraz tygodnika „Film”. Przez wiele lat prowadził w 2 programie telewizji publicznej program „Seans filmowy”. Członek The International Federation of Film Critics FIPRESCI, ekspert Polskiego Instytutu Sztuki Filmowej, redaktor kwartalnika „Kronos”, a także członek Rady Fundacji Augusta hr. Cieszkowskiego.
Od 1990 Mateusz Werner publikował m. in. w „Przeglądzie Filozoficznym”, „Pamiętniku Literackim”, „Tekstach Drugich”, „Kronosie”, „Ogrodzie”, „Kinie”, Filmie”, „Filmie na Świecie”, „Cahiers du cinéma”, „Literaturze”, „Ozonie”, „Więzi”, „Polityce”, „Zeszytach Telewizyjnych”, „Nowych Książkach”, „Tygodniku Literackim”, „Tygodniku Powszechnym”, „Res Publice”, „Dialogu”, „Życiu”, „Gazecie Wyborczej”, „Arce”, „Arcanach”, „Close Up” (Włochy). Jego dorobek publicystyczny obejmuje około dwustu artykułów i szkiców drukowanych w prasie i periodykach.